Le sécretaire général assiste le président dans l'application de la politique de l'université. Il est chargé de la coordination administrative et technique des structures centrales et rattachées. Le Sécretariat Général est dirigé par M. Sibiri SAWADOGO, Administrateur civil.
Les services du sécretariat général comprennent :
- Le Bureau d'études
- Le Sécretariat particulier
- Le Service Central du courrier
- Le service des archives
- Le service du sport
Les structures centrales sont :
- La Direction de l'Administration des Finances (DAF)
- La Direction des Ressources Humaines (DRH)
- La Direction des Etudes et des Statistiques (DES)
Les structures rattachées au sécretariat général sont :
- La Biblithèque Universitaire Centrale (BUC)
- La Direction de Gestion du Domaine Universitaire (DGDU)
